目前，以流式细胞仪分离法发展较为迅速。此法分离 X-精子及 Y-精子的依据是两条性染色体的 DNA含量不同。哺乳动物 X-精子带的 DNA 比 Y-精子多2.8～7.5，流式细胞分离法用 Hoechst 33342 与DNA 结合，每个精子内 DNA 的含量同与其结合的Hoechst 33342 的量是成比例的。当活精子通过一道激光柱时，该仪器收集每一精子的光能，测量相关的DNA，通过使特定精子偏转进入收集管的方法来进行选择。

　　采用流式细胞仪每小时可分离 X 和 Y 精子各1 500 万个，分离准确率雄性可达 以上，雌性可达 以上，而人工受精后受体妊娠率均为 40左右。目前需要解决的关键问题是提高分离速度和进一步提高准确率。